Colaboradores
Dr. François Artiguenave (CNG / CEA): possui doutorado em Genética pela Université René Descartes Paris V (1996) e MBA pela ESSEC Business School (2010). Atualmente é lider do grupo LABIRINT do Centre National de Geenotypage / CEA na França. Participou de diversos projetos genoma, incluindo o Projeto Genoma Humano. Suas principais áreas de interesse são análises de Bioinformática com ênfase no entendimento do relacionamento entre sequência, estrutura e função e na evolução. Tem sólida experiência em Bioinformática na academia e em empresas privadas.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos.
Dr. Marcel Salanoubat (Genoscope / CEA: líder da unidade de pesquisa "Genômica metabólica" do Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA) / CNRS e Université d'Évry. Iniciou suas atividades científicas trabalhando com plantas, mais especificamente em genômica de plantas. Esteve envolvido em um grande número de projetos de sequenciamento internacionais (Arabidopsis, Arroz, patógenos de plantas, entre outros). Em particular, coordenou o projeto europeu que foi parte do esforço internacional de sequenciamento e análise do primeiro genoma de plantas (Arabidopsis thaliana), um genoma modelo. Os projetos de sequenciamento contribuíram significativamente para o inventório em andamento de genes eucarióticos e procarióticos. Entretanto, tal inventório puramente não gera conhecimento biológico per se, constituindo apenas uma lista de pertes constituintes dos sistemas biológicos. Por esse motivo, o Dr. Marcel Salanoubat decidiu dedicar-se à exploração das funções dessas partes com o objetivo de compreender o funcionamento do todo. Escolheu investigar os genes envolvidos no metabolismo procariótico. A escolha foi baseada na observação de que o nosso conhecimento sobre o metabolismo ainda está longe de ser completo e tem sido relativamente negligenciado nos últimos anos. Atualmente, ele é o líder do grupo Laboratoire de génomique et de biochimie du métabolisme. O foco do grupo é na elucidação experimental da função genica, na descoberta de novas atividades enzimáticas e caminhos metabólicos o que é feito com a colaboração de outras equipes da unidade de pesquisa.
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Dr. David Vallenet (Genoscope / CEA): atualmente é pesquisador no Genoscope, Institute de Genomique, Direction des sciences du vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), em Evry, na França. É doutor em Bioinformática (2007) pela Université d'Évry Val-d'Essonne e mestre em Bioinformática. Durante os seus estudos na França o Dr. David Vallenet adquiriu sólido background em biologia molecular e bioquímica. Ele se juntou ao Genoscope em 2003 para trabalhar no seu doutorado no desenvolvimento de um sistema de anotação de genomas microbianos, chamado MycroScope. Devido ao sucesso da ferramente, ele foi contratado como pesquisador permanente em 2007 e desde então tem estabelecido colaborações por todo o mundo com icrobiologistas com interesse em analisar os genomas de seus organismos modelo. O Dr. David Vallenet atualmente lidera um grupo de pesquisas em Bioinformática que foca do desenvolvimento de métodos computacionais para a descoberta de novas atividades enzimáticas.
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Dra. Karine Bastard (Genoscope / CEA): atualmente, a Dra. Karine Bastard é pesquisadora no Genoscope, Institute de Genomique, Direction des sciences du vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), em Evry, na França. É doutora em Modelagem Molecular pela Université Paris Diderot (2005). Durante sua graduação em bioquímica, na Université de Nantes, ele se interessou pela área de biologia estrutural, principalmente pelo mecanismo de reconhecimento entre moléculas biológicas. Como desejava estudar esse processo in silico, juntou-se ao grupo de Richard Lavery e Chantal Prévost no Institut de Biologie Physico-Chimique, CNRS em Paris, na França para fazer seu doutorado no desenvolvimento de métodos de docagem molecular. Durante este período, teve a oportunidade de colaborar com MArtin Zacharias da Jacobs University Bremen em Bremen, na Alemanha. Realizou seu pós-doutoramento com um fellowship Marie Curie sob supervisão de Michael Levitt na University of Stanford na California com foco na associação dinâmica entre moléculas usando técnicas de dinâmica molecular. Graças a sua experiência em métodos in silico para modelagem de sistemas que são difíceis de se verificar com métodos experimentais (como por exemplo complexos anticorpo-antígeno, hélice de DNA tripla em complexo com filamentos de proteínas), estabeleceu produtivas colaborações com imunologistas, físicos, químicos. Em 2010, foi contratada pelo Genoscope para contribuir em uma iniciativa multidisciplinar de descoberta de novas atividades enzimáticas. Ela tem colaborado com técnicas de modelagem molecular em projetos pós-genômicos envolvendo a classificação estrutural e a determinação de funções biológicas de enzimas descobertas em projetos de sequenciamento.
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Professor Sir Tom Blundell, FRS, FMedSci: possui doutorado pela University of Oxford. É professor emérito e diretor de pesquisa do Department of Biochemistry, University of Cambridge, além de ser o atual presidente da The Biochemical Society. É especialista em biologia molecular e na identificação dos processos químicos relacionados a doenças o que levou, ao longo de sua carreira, ao desenvolvimento de drogas que auxiliam no tratamento da AIDS, câncer, catarata e diabetes. Ele é co-fundador de duas empresas de descoberta da fármacos,
Astex Technology Ltd e
Biofabrika. Seus interesses de pesquisa incluem a elucidação de estruturas macromoleculares via métodos de bioquímica, cristalografia de proteínas, bioinformática, e concepção de medicamentos baseados em estruturas.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos.
Dr. David Ascher: possui doutorado pelo St Vincent’s Institute of Medical Research, Austrália. É atualmente pesquisador associado à mesma instituição pelo Victorian Fellow e Churchill Memorial Trust Fellow. É especialista em bioquímica e biofísica estrutural e sua pesquisa tem como foco uma gama de proteínas envolvidas com doenças do sistema nervoso, câncer e doenças infecciosas. Dentre seus principais trabalhos destacam-se o desenvolvimento de fármacos para o tratamento de demência, a caracterização do mecanismo de ação de um novo anti-viral para a Hepatice C e a identificação dos primeiros inibidores da interação entre as proteínas c-MET e HGF para o tratamento do câncer.
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Prof. Dr. Marcos Augusto dos Santos: é graduado em Engenharia Civil pela Universidade Federal de Minas Gerais (1977), possui mestrado em Ciência da Computação pela mesma instituição (1985) e doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação pela COPPE (1998). Atualmente é Professor Associado do Departamento de Ciência da Computação da Universidade Federal de Minas Gerais, onde atua na graduação (Otimização, Análise numérica e Algoritmos) e no Programa de Pós-graduação em Bioinformática.
- Subprojetos: atuará no subprojeto de Modelos e algoritmos em biologia computacional, com especial suporte em questões de análise numérica e otimização.
Dr. Liv Soares Severino:
é Engenheiro Agrônomo, formado pela Universidade Federal do Ceará, Mestre em Fitotecnia pela Universidade Federal de Viçosa e Doutor em Agronomia pela Texas Tech University. Pesquisador da Embrapa Algodão desde 2002, atua em sistemas de produção para as culturas de mamona e pinhão manso. Coordenou vários projetos de pesquisa em parceria com empresas públicas e privadas do Brasil para desenvolvimento de tecnologia de cultivo para estas lavouras oleaginosas, além de colaborar com diversos projetos de Cooperação Internacional com países da América Latina para promoção de cultivos voltados à produção de biodiesel. Foi Chefe Adjunto de Comunicação e Negócios da Embrapa Algodão entre março de 2008 e março de 2009. Sua produção bibliográfica inclui 58 artigos em Periódicos, edição técnica de um livro (também traduzido para espanhol) e mais de 160 publicações técnicas e trabalhos em Congressos. Nos últimos anos tem participado de diversos eventos no Brasil e em outros países sobre mamona, pinhão manso e biodiesel.
- Subprojetos: atuará no subprojeto de Ligantes de Ricina, com especial suporte em questões agronômicas e bioquímicas da mamoneira e da ricina.
Prof. Dr. Carlos Henrique da Silveira: possui graduação incompleta em Ciências Biológicas (1988-1990) e graduação completa em Ciência da Computação (1991-1994), ambas pela Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG. Doutorou-se em Bioinformática, também pela UFMG (2008). Teve sua tese eleita a melhor do programa em Workshop do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG em 2007. Tem um perfil interdisciplinar, com experiência de mercado e acadêmica. Atuou como Professor Assistente na Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais - PUC-MG, como Professor Adjunto na Universidade Federal de Itajubá - UNIFEI, como Professor Adjunto do Departamento de Biotecnologia, Centro de Biotecnologia - CBIOTEC, na Universidade Federal da Paraíba - UFPB. Atualmente, é Professor Adjunto na Universidade Federal de Itajubá - UNIFEI. Na pesquisa, tem experiência acadêmica na área de Bioinformática, com ênfase em Bioinformática Estrutural, Quimioinformática e Nanobioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: Modelagem Computacional de Biomoléculas e Nanomateriais Bioativos, Integração de Banco de Dados Biológicos,
Mineração de Dados Biológicos, Simulações de Dinâmica Molecular, Relação Sequência-Estrutura em Proteínas, Prospecção de Alvos Biomoleculares Terapêuticos, Moléculas ou Nanoestruturas Biomiméticas Drogáveis, Redes Interatômicas e Inter-resíduos em Proteínas.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em questões de bioinformática estrutural.
Prof. Dr. Luis Cesar Rodrigues: possui graduação em farmácia pela Universidade Federal do Paraná (UFPB-1992), habilitação em análises clínicas e indústria farmacêutica. Um ano de mestrado na Universidade Estadual de Maringá (UEM), interrompido por um intercâmbio com a Universidade de Santiago de Compostela (USC - Santiago de Compostela - Espanha), onde recebeu bolsa para cursar doutorado pela Agência Espanhola de Cooperação Internacional (AECI), orientado pelo catedrático Prof. Dr. Antonio Mouriño Mosquera. Obteve o título de doutor em Química Orgânica com tese intitulada “Diseño, síntesis y actividad biológica de un nuevo ligando superagonista (AMCR277A) del Receptor Nuclear de la Vitamina D”, que resultou em patente e publicações em revista de alto impacto. Atualmente é Professor Adjunto da UFPB, Centro de Biotecnologia, Departamento de Biologia Celular e Molecular, Curso de Biotecnologia. Tem experiência na área de química orgânica, com ênfase em síntese orgânica.
- Subprojetos atuará no subprojeto de Ligantes de Ricina, com especial suporte em questões de síntese orgânica para ligantes de ricina.
Dr. Douglas Eduardo Valente Pires: possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2012) e graduação em Ciência da Computação pela mesma instituição (2009). Realizou estágio pós-doutoral no Department of Biochemistry - University of Cambridge (Inglaterra), sob supervisão do Professor Sir Tom Blundell. Atualmente, é pesquisador no Centro de Pesquisas René Rachou da Fundação Oswaldo Cruz. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática Estrutural, tendo como foco o estudo e mineração de redes biológicas por meio de assinaturas estruturais.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em questões de bioinformática estrutural
Dra. Valdete Gonçalves Almeida: possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2011) e graduação em Sistemas de Informação pela Faculdade Metodista Granbery-Juiz de Fora/MG (2005). Atualmente é professora voluntária do Programa de Doutorado em Bioinformática da Universidade Federal de Minas Gerais e colaboradora do Laboratório de Bioinformática e Sistemas / DCC / UFMG. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática, tendo como foco a busca de padrões em interações atômicas usando mineração de grafos. Atualmente é bolsista de pós-doutorado,
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em questões de bioinformática estrutural
Dra. Sabrina Azevedo Silveira: possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2013) e graduação em Ciência da Computação pela mesma universidade (2008). Realizou seu pós-doutorado no Departamento de Ciência da Computação da Universidade Federal de Minas Gerais. Atualmente é professora da Universidade Federal de Viçosa. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: predição de função de enzima, mineração de dados, bases de dados biológicas e visualização de dados.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em questões de bioinformática estrutural
Prof. Dr. Leonardo Henrique Franca de Lima: possui doutorado em Física Molecular pela Universidade de São Paulo (2011), mestrado em Engenharia Química pela Universidade Estadual de Campinas (2006) e graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Minas Gerais (2002). Atualmente é Professor Classe A - Adjunto na Universidade Federal de São João Del-Rei, Campus Sete Lagoas. Atua nas áreas de Bioquímica Computacional, Biologia Estrutural, Modelagem Molecular, Biofísica Molecular e Biotecnologia. Temas de interesse particular são a biofísica e dinâmica molecular de receptores nucleares, bem como de enzimas e macromoléculas de aplicações biotecnológicas, interação proteína-DNA e proteína-ligante, nanossistemas em biotecnologia, estrutura e função de proteínas.
- Subprojetos: atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em
simulações de dinâmica molecular.
Prof. Dr. José Maurício Schneedorf Ferreira da Silva: possui doutorado em Bioquímica e Imunologia pela Universidade Federal de Minas Gerais (1998) e pós-doutorado na Universidade Federal de Viçosa (1999). Atualmente, é Professor Associado da Universidade Federal de Alfenas e suas áreas de interesse são biotermodinâmica e cinética enzimática.
- Subprojetos: atuará preferencialmente no subprojeto das ricinas na parte de cinêtica enzimática.
Prof. Dr. Leonardo Ramos Emmendorfer: possui graduação em Engenharia de Computação e mestrado e Doutorado em Métodos Numéricos pela Universidade Federal do Paraná (2007). Atualmente é professor adjunto III na Universidade Federal de Rio Grande - FURG. Tem experiência em Aprendizado de Máquina e Mineração de Dados.
- Subprojetos: atuará nos subprojetos de Modelos e algoritmos em biologia computacional e Beta-glicosidases recombinantes, com especial suporte em questões de modelagem computacional e aprendizagem de máquina.
Prof. MSc. Paulo Lilles Jorge Drews Jr: possui graduação em Engenharia de Computação pela Universidade Federal do Rio Grande (FURG) e mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) com ênfase em robótica e reconhecimento de padrão. Atualmente é professor assistente 2 na Universidade Federal de Rio Grande - FURG e doutorando em Ciência da Computação na Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Tem experiência em robótica, processamento de sinais e reconhecimento de padrões, atuando em aprendizado de máquina para modelagem e classificação de dados biológicos.
- Subprojetos: atuará nos subprojetos de Modelos e algoritmos em biologia computacional e Beta$-glicosidases recombinantes, com especial suporte em questões de modelagem computacional e aprendizagem de máquina.
Prof. Dr. Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto: possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Feredal de Minas Gerais (2010) e mestrado em Ciência da Computação pela mesma instituição (1998) e Especialização em Estatística. É graduado em Engenharia Química pela Universidade Federal de Minas Gerais (1990). Atua nas áreas de Estatística, Cálculo Numérico, Informática em Saúde, Epidemiologia Hospitalar e Bioinformática.
- Subprojetos: atuará no subprojeto de Modelos e algoritmos em biologia computacional, com especial suporte em questões de estatística e cálculo numérico.