Bioinformática Estrutural de Proteínas: Modelos, Algoritmos e Aplicações Biotecnológicas

Equipe principal

Prof. Dr. Marcelo Matos Santoro (COORDENADOR in memoriam): possui doutorado em Bioquímica e Imunologia pela Universidade Federal de Minas Gerais (1983) e graduação em Farmácia e Bioquímica pela Universidade Federal de Minas Gerais (1974). Era professor associado 4 da Universidade Federal de Minas Gerais. Tinha experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Proteínas, atuando principalmente nos seguintes temas: tripsina, estabilidade termodinâmica de proteínas, purificação de proteínas e calorimetria. Em Bioinformática, atuava principalmente na área de Bioinformática Estrutural de Proteínas, com três orientações de teses concluídas. Era líder do Laboratório de Enzimologia e Fisico-Química de Proteínas / Departamento de Bioquímica e Imunologia / UFMG e bolsista de produtividade em pesquisa nível 1D do CNPq.

  • Bolsista Produtividade: 1D
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/4809936850232418
  • Artigos 2009-2013: 24 artigos completos em periódicos e 1 artigo completo em anais de congresso.
  • Subprojetos: como coordenador, atuará em todos subprojetos, com especial suporte em questões enzimológicas e de estrutura de proteínas.
Profa. Dra. Raquel C. de Melo-Minardi (COORDENADORA): possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2008) e graduação em Ciência da Computação pela mesma instituição (2004). Realizou seu pós-doutorado no Genoscope / CEA da França (2008/2009). Atualmente é professora adjunta 3 da Universidade Federal de Minas Gerais e membro do Laboratório de Bioinformática e Sistemas / DCC / UFMG. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática e Visualização de Dados.
  • Bolsista Produtividade: 2
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/9274887847308980
  • Artigos 2009-2013: 12 artigos completos em periódicos e 8 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: como coordenadora, atuará em todos os subprojetos, com especial suporte em questões de bioinformática estrutural e biologia computacional.
Prof. Dr. Wagner Meira Jr.: possui doutorado em Ciência da Computação pela University of Rochester (1997) e graduação e mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Federal de Minas Gerais (1993). Atualmente é professor titular da Universidade Federal de Minas Gerais. Suas áreas de interesse são sistemas paralelos e distribuídos e mineração de dados, assim como a sua aplicação em áreas como redes sociais, comércio eletrônico, recuperação de informação e Bioinformática. É bolsista em produtividade 1C do CNPq.
  • Bolsista Produtividade: 1C
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/9092587237114334
  • Artigos 2009-2013: 25 artigos completos em períodicos e 70 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará em todos subprojetos, com especial suporte em questões de mineração de dados.
Profa. Dra. Gisele Lobo Pappa: possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Maringá (2000), mestrado em Informática pela Pontifícia Universidade Católica do Paraná (2002) e doutorado em Ciência da Computação pela University of Kent (2007). Atualmente é professora adjunta 2 da Universidade Federal de Minas Gerais. Atua principalmente nos seguintes temas: mineração de dados, algoritmos genéticos, programação genética, algoritmos de indução de regras e otimização multiobjetiva.
  • Bolsista Produtividade: 2
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/5936682335701497
  • Artigos 2009-2013: 8 artigos completos em períodicos e 33 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará no subprojeto de Modelos e algoritmos em biologia computacional, com especial suporte em questões de mineração de dados e computação natural.
Prof. Dr. Thiago Ferreira de Noronha: possui Doutorado em Informática pela PUC-RIO. Trabalhou na Google Brasil como Engenheiro de Software. Atualmente, é professor pesquisador do Departamento de Ciência da Computação da Universidade Federal de Minas Gerais e bolsista de produtividade em pesquisa do CNPq. Atua nas áreas de pesquisa de Algoritmos e Otimização Combinatória.
  • Bolsista Produtividade: 2
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/5748979136074637
  • Artigos 2009-2013: 4 artigos completos em períodicos e 16 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará no subprojeto de Modelos e algoritmos em biologia computacional, com especial suporte em questões de engenharia de software e otimização combinatória.
Prof. Dr. Demetrius Antonio Machado de Araújo: tem doutorado em Bioquímica pela Universidade Federal de Minas Gerais e Pós-Doutorado na Universidade de Leicester (Inglaterra). Possui colaborações com várias Instituições, tais como, UFC, UFRN, UFPE, UFMG, Instituto Butantan e USP, e no exterior, com as Instituições Istituto di Chimica Biomolecolare (ICB Biomolecular Chemistry, Itália), University of Western Ontário (Department of Physiology \& Pharmacology and Department of Anatomy \& Cell Biology, Canadá) e Universitat de Barcelona, Departamento de Microbiologia, Espanha. Atualmente é Professor Associado IV da Universidade Federal da Paraíba. Possui bolsa de Produtividade em pesquisa do CNPq nível 1D. Quanto aos aspectos de pesquisa, tem atuado na área de citotoxicidade, biologia celular e molecular.
  • Bolsista Produtividade: 1D
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/4795833304329411
  • Artigos 2009-2013: 17 artigos completos em períodicos e 2 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará no subprojeto de Ligantes de Ricina, com especial suporte em questões de biologia celular e citotoxicidade.
Prof. Dr. Gerd Bruno da Rocha: concluiu o doutorado em Química pela Universidade Federal de Pernambuco em 2002. Atualmente é Professor Adjunto IV da Universidade Federal da Paraíba. Possui bolsa de Produtividade em pesquisa do CNPq nível ID. Publicou até o momento 42 artigos em periódicos especializados. Atua na área de Química, com ênfase em Química Teórica. É especialista em métodos de química quântica em especial os métodos semiempíricos, tanto em desenvolvê-los quanto implementá-los em programas. Nos ultimos anos tem atuado também implementando técnicas de programação paralela para unidades gráficas de processamento (GPUs) no programa MOPAC. O interesse final de suas pesquisas é a modelagem completa de sistemas moleculares de interesse biológico com métodos de química quântica acoplado à métodos de simulaçãao computacional, tais como dinâmica molecular e/ou Monte Carlo.
  • Bolsista Produtividade: 1D
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/9404945858555096
  • Artigos 2009-2013: 13 artigos completos em períodicos e 0 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará nos subprojetos de Ligantes de Ricina e Beta-glicosidases recombinantes, com especial suporte em questões de quimioinformática e modelagem molecular.
Prof. Dr. Adriano Velasque Werhli: possui graduação em Física e mestrado em Computação Aplicada pela Unisinos (2003) e Doutorado em Informática pela The University of Edinburgh (2007). Atualmente é professor adjunto III na Universidade Federal de Rio Grande - FURG. É orientador nos programas de Pós Graduação em Modelagem e em Computação da FURG. Tem experiência em Aprendizado de Máquina, atuando principalmente na inferência de redes regulatórias a partir de dados pós-genômicos. Trabalha também com modelos hierárquicos Bayesianos para aprimorar modelagem de redes regulatórias com redes Bayesianas.
  • Bolsista Produtividade: -
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/4393367734853964
  • Artigos 2009-2013: 13 artigos completos em períodicos e 0 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará no subprojeto de Modelos e algoritmos em biologia computacional e Beta-glicosidases recombinantes}, com especial suporte em questões de modelagem computacional e aprendizagem de máquina.
Prof. Dra. Karina dos Santos Machado: possui Doutorado em Ciência da Computação pela Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (2011) e graduação em Engenharia de Computação pela Universidade Federal de Rio Grande (2005). Atualmente é professora Adjunta 2 e uma das líderes do grupo de pesquisa em Biologia Computacional da Universidade Federal de Rio Grande. Tem experiência na área de Bioinformática e Mineração de Dados, atuando principalmente nos temas de docagem e dinâmica molecular.
  • Bolsista Produtividade: -
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/3528633359332021
  • Artigos 2009-2013: 5 artigos completos em períodicos e 6 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará nos subprojetos de Ligantes de Ricina e Beta-glicosidases recombinantes, com especial suporte em questões de docagem e dinâmica molecular.
Prof. Dr. Luis Fernando Fernandes Marins: Graduado em Oceanologia pela Universidade Federal do Rio Grande - FURG (1987), mestrado (1993) e doutorado (2001) em Oceanografia Biológica (FURG), com estágio no exterior (University of Southampton, UK). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal do Rio Grande (FURG), orientador do Programa de Pós-graduação em Ciências Fisiológicas - Fisiologia Animal Comparada (PPGCF-FAC-FURG), orientador do Programa de Pós-graduação em Aquicultura (PPGAq-FURG), e membro da Comissão Interna de Biossegurança (CIBio-FURG). Desenvolve pesquisa na área de Biologia Molecular aplicada a organismos aquáticos. Os principais temas abordados envolvem estudos de expressão gênica, ecotoxicologia, melhoramento genético, marcadores moleculares e produção de células e peixes geneticamente modificados como modelos experimentais.
  • Bolsista Produtividade: 1D
  • Lattes: http://lattes.cnpq.br/5407644720819388
  • Artigos 2009-2013: 31 artigos completos em períodicos e 0 artigos completos em anais de congressos.
  • Subprojetos: atuará no subprojeto de Beta-glicosidases recombinantes, com especial suporte em questões de biologia molecular e melhoramento genético.